Explorer ist da eigen. ;-) dazu gibt es sogar ein eigenes Thema hier:
http://forum.kay-bruns.de/thread/9
Normaler Weise wird Explorer wieder freundlich, nachdem das letzte administrative Fenster zu ist.
Hier funktioniert das von Dir Beschriebene auch einwandfrei. Hmmm.
Wenn Du Process Explorer bemühst, siehst Du wirklich nur eine Instanz von Explorer.exe?